A Universidade de Brasília foi fundada em 1962 e fez parte de reformas planejadas por lideranças acadêmicas identificadas com o governo de João Goulart ao longo da década de 1960. Nesse período, divergentes grupos políticos concordavam acerca do arcaísmo das universidades e defendiam mudanças urgentes. Sendo assim, a UnB foi pensada para ser uma universidade de ponta, referência no Brasil. Foi a primeira Universidade pensada para funcionar como centro de pesquisa que substituiria as cátedras por departamentos e institutos, adotando o regime em tempo integral, com salários mais altos que a média e aderindo pela primeira vez ao sistema de créditos por disciplina ao invés do curso de duração anual. Essas melhorias tinham também o objetivo de fazer com que os intelectuais olhassem o regime de forma menos crítica ou que chegassem a se engajar nele.
Contudo, após o golpe militar, o campus da UnB tornou-se uma espécie de campo de guerra, enfrentando duras ondas repressivas e vigilância. Isso se deu em grande parte porque a universidade era considerada um “ninho de subversão” de forma exagerada pelos meios conservadores. Além disso, havia receios por seu projeto acadêmico arrojado e ousado que causava entusiasmo nos jovens, somado a preocupação pela chegada de estudantes de diversos estados a universidade, localizada na capital federal. Cidade esta que não tinha ainda forças sociais ou instituições tradicionais como a Igreja ou a imprensa, que tenderiam a frear as duras ações militares.
No ano de 1964, com as invasões às universidades, os soldados interditaram a biblioteca da UnB em busca de livros subversivos, ocupando o campus por duas semanas. Vários professores e estudantes foram presos, alguns liberados e outros permaneceram presos por mais tempo, sendo submetidos a interrogatórios e humilhações. Quatro dias após a invasão o reitor da universidade foi substituído por outro, mais alinhado aos interesses do regime, que também ficou submetido à minuciosa vigilância em suas decisões. O reitor escolhido, Zeferino Vaz, tentou conduzir a universidade e cumprir as medidas de “segurança nacional”, mas ao mesmo tempo utilizava-se de negociações para acalmar o corpo docente. Com a pressão de polêmicas, greves e manifestações estudantis, Vaz renunciou ao cargo.
A reitoria sucessora seguiu nos moldes da repressão e, optando por um protesto final, cerca de 80% dos professores pediram demissão em 1965, mas rapidamente a universidade fez novas contratações. Em 1968 ocorre outra grande invasão policial com auxílio do exército, onde um estudante é morto a tiro e diversas outras pessoas são feridas em uma suposta busca por foragidos da Justiça. No ano seguinte a universidade passa por uma “limpeza” com a demissão de professores e cerca de 250 alunos excluídos da instituição por serem considerados subversivos.
A Assessoria de Vigilância da UnB foi criada em 1971 e seus relatórios demonstram a alta vigilância sobre o movimento estudantil, com registros de manifestações, reuniões e assembleias estudantis, listas com nomes, fotografias e falas de estudantes. Obviamente o objetivo do trabalho dessas assessorias era punir essas lideranças e estudantes. Um episódio marcante foi a descoberta de um microfone oculto do forro do diretório estudantil, em 1978.
Antes mesmo do fim do regime militar, muitas universidades já caminhavam para a redemocratização de suas instituições. Porém, isso só veio a acontecer com a UnB após 1985. A dificuldade da superação do autoritarismo na universidade se deu principalmente por disputas de poder e empecilhos nas votações para um novo reitor. Com o fim do regime militar e graças a pressão da comunidade universitária, o então reitor renunciou ao cargo. A Universidade de Brasília foi assumida pelo professor de economia Cristovam Buarque, contrário à Ditadura.
